L’activité religieuse se révéla relativement importante au Gabon.

Eglise Sainte Anne d'Odimba, conçue par G. Eiffel,   en plaques de fonte démontables, 1887 - Fernan Vaz

Très tôt, des prêtres se joignirent aux marins. Protestants américains et catholiques français fondèrent des missions.

Les missionaires américains ouvrirent des missions où l’on apprenait l’anglais. Ces écoles étaient cotées car l’anglais constituait un avantage pour le commerce et les relations avec les Européens. Le programme des missions consistait, pour les premières années, en un enseignement donné en langue vernaculaire. L’anglais n’était enseigné que plus tard et les meilleurs élèves n’avaient que des cours en anglais. A la mission de Baraka, avant 1888, un garçon sur cinq et une fille sur six ont acquis des connaissances en anglais.

Le déclin des missions américaines et anglaises commença vers 1883, quand le gouvernement français demanda aux missionaires de ne plus enseigner l’anglais, faute de quoi, ils seraient contraints d’abandonner leurs missions. Les écoles furent fermées quelque temps, puis les missionaires anglophones les rouvrirent en essayant d’enseigner en omyènè. Cette démarche éveilla la suspicion des Français.

Les pasteurs presbytériens quittèrent progressivement le Gabon à partir des années 90, poussés par la montée du nationalisme français. En effet, les Français voulaient rendre la colonie plus française, et s’assurer la main-mise sur le territoire.